Шокан (Мухаммед-Ханафия) родился в ноябре 1835 г. в местечке Кунтимес, на территории современного Сарыкольского района Костанайской области, в семье старшего султана Аман-Карагайского окружного приказа майора Шингиза Уалиева.
В 1847 г. 12-летний Шокан был определен на учебу в Омский кадетский корпус, считавшийся тогда лучшим учебным заве¬дением Сибири, где в совершенстве овладел русским языком, полу¬чил обширные знания. По окончании кадетского корпуса в 1853 г. он был назначен на службу при генерал-губернаторе Западной Сибири Г. Гасфорте. На формирование мировоззрения и взглядов Шокана Уалиханова оказали глубокое воздействие специфические условия предреформенной России, стоявшей накануне отмены крепостного права.

В 1854-1857 гг. Ш. Уалиханов принимает активное участие в экспедициях по Южному Казахстану и Киргизии. В 1855 г. путешествует по Центральному Казахстану, Семиречью и Тарбагатаю, изучает развалины древних городов, наскальные рисунки, каменные изваяния, записывает предания, песни и сказки казахского наро¬да. В 1856-1857 гг. Уалиханов участвует в военно-научных экс¬педициях по Кыргызстану, где впервые записал поэму «Манас».
Дальнейшей направленности научной деятельности Ш.Уалиханова способствовало знакомство с П. Семеновым-Тянь-Шанским, выразившим восхищение ученым-казахом. В 1857 г. по рекомендации П. Семенова-Тянь-Шанского Ш. Уалиханов был избран в члены Русского Географического общества.

Расцвет научной и просветительской деятельности Ш. Уалиханова относится к концу 50-х-началу б0-х годов XIX столетия. В 1858-1859 гг. он совершил свое самое увлекательное и опасное путешествие в Восточный Туркестан.
В конце 1859 г. Ш. Уалиханов приехал в Петербург, где ученые встретили его как отважного путешественника и исследователя. По поручению военно-ученого комитета Генерального штаба он составил карты Средней и Центральной Азии, под его редакцией были подготовлены «Карта пространства между озером Балхаш и хребтом Алатау». «Карта к отчету о результатах экспедиции к озеру Иссык-Куль», «Карта Западного края Китайской империи» и другие. Он составил материалы по географии и этнографии Казахстана и Средней Азии, выступил с докладами в Императорском географическом обществе.

Весной 1864 г. Ш. Уалиханов принял участие в походе на Таш¬кент под предводительством генерала Черняева, но вскоре, недо¬вольный его действиями, оставил отряд и вернулся в Алтын-Эмель в аул султана Тезека, где женился на его сестре Айсаре.

Русские и западно-европейские востоковеды высоко оценили подвиг казахского ученого. Его работы после возвращения на Ро¬дину были переведены на немецкий, английский, французский языки. Неоспоримым свидетельством заслуг Уалиханова стало из¬брание в возрасте двадцати одного года членом Русского геог¬рафического общества. Ш. Уалиханов скончался в апреле 1865 г. в урочище Коген Теген, недалеко от подножия Алтын-Эмельского хребта.
Шокан Уалиханов, как прогрессивный мыслитель своего времени, очень любил Россию Пушкина, Чернышевского, Достоевского. Шокан высоко ценил дружбу с выдающимися представителями русского народа, и эти чувства были взаимными. Короткая, но яркая жизнь Шокана была посвящена не только служению своему народу, но и представлению России и миру жизни казахов, их прошлого, настоящего, их помыслов о будущем.